1) 办公室

办公室主要行使三项职能，分别是行政职能、党工团建设职能和外联职能。行政职能主要负责整馆的文秘管理、档案管理等行政事务管理；党工团建设职能主要负责党工团组织的日常事务工作、人力资源管理；外联职能主要负责整馆的外事外联管理、维护及协调工作，负责学术委员会的专家联络及服务工作。

2) 财务部

财务部主要负责组织编报年度预算；负责内控管理制度的实施并根据国家政策要求及时修订；负责财务核算及各项税费缴纳工作；完成财务报表汇总及财务分析；监控总体预算执行进度和落实。

3) 策划部

策划部主要负责整馆的业务方向定位与内容把关、策划模式制定、策划方法创新、统筹合作策划机构、制定策划工作计划、编撰策划项目年鉴；协作三馆的专业策划业务的开展，服务三馆的专业策划组织。

4) 展务部

展务部负责整馆的所有项目的展示标准制定、项目操作流程制定、统筹合作展陈机构；协作三馆的展陈业务的开展，服务三馆的专业展陈业务组织；负责开放系统管理工作。

5) 典藏部

典藏部负责统筹三馆的专业力，从数字收藏、版权收藏等方面制定整馆的收藏制度、收藏标准、收藏流程、收藏计划，并负责执行收藏计划。

6) 宣教部

宣教部负责整馆与三馆的公共形象及所有项目的宣传推广、教育工作；负责整馆官网及三馆官微等社会形象建设、管理与维护工作；负责配合三馆公共教育的理论研究及公共教育活动的策划组织、实施组织工作。